Projektansökningar genomgår en vetenskaplig evaluering, som görs av NKJ:s vetenskapliga panel. Följande kriterier används vid vetenskaplig bedömning:

• Generell projektkvalitet
• Forskningsinnehållet
• Vetenskaplig kvalitet
• Genomförbarhet
• Internationellt samarbete
• Kommersiell relevans
• Miljöhänsyn
• Etiska aspekter
• Jämställdhet och könsperspektiv

 
Det slutliga beslutet, om vilka projekt/nätverk finansieras, fattas an NKJ:s styrelse.